É essa a mensagem?
"Altering resolutions may (i) reduce system stability and useful life of the system and chip-set; (ii) cause the chip-set and other system components to fail; (iii) cause reductions in system performance; (iv) cause additional heat and other damage; and (v) affect system data integrity"
Fonte de mensagem semelhante: link
Resposta:
Não, não causará nenhum dano.
No passado, houve alguma discussão de que usar uma taxa de atualização / resolução mais alta poderia danificar seu monitor CRT (os únicos que foram usados naquela vez). E embora fosse possível, ninguém mostrou um monitor que foi danificado por essas frequências.
E usar uma resolução menor não danificará seu monitor nem seu chipset gráfico Intel.
Edit: se é que a mensagem que aparece quando você muda resolutionm, é (quase) a mesma mensagem que aparece nos manuais da Intel sobre ajuste:
E esses avisos são sobre problemas que podem aparecer quando as pessoas tentam fazer overclock em seus sistemas, i. e., usando-o em freqüências mais altas que as originais. É um aviso simples que eliminará a responsabilidade da Intel caso algo de ruim aconteça.
Usar uma frequência / resolução menor só pode fazer com que o chipset funcione mais lentamente.