RAID é para minimizar o tempo de inatividade devido a falhas no disco. Ele não fornece proteção contra erros de nível mais alto, como exclusão acidental de arquivos, etc. Além disso, nunca usei a criptografia do sistema TrueCrypt, mas acho que não é tão simples construir uma configuração semelhante a RAID com ele.
Então, acho que você deve usar a criptografia do sistema TrueCrypt na primeira unidade e criar um volume criptografado na segunda unidade . Em seguida, crie backups regularmente com a ferramenta de backup interna do Windows ou com uma Trabalho do XCopy (RoboCopy) ( tutorial ). Você não precisa se preocupar com criptografia, porque é feito em um nível inferior pelo "driver" TrueCrypt.
Se você precisar de um backup de todo o seu sistema, a ferramenta interna é a que você deve escolher (cria arquivos VHD inicializáveis) - ou algum tipo de RAID. No entanto, se você precisar apenas dos seus dados seguros, o XCopy fará o mesmo.