Parece que o seu PDF faz uso pesado do recurso transparência que o modelo gráfico PDF suporta.
Daí a mensagem Flattening: [Page Num] [Percentage Done]
que você está vendo para cada slide. Isso indica que os objetos transparentes estão sendo re-computados em uma imagem de pixel que contém todos os objetos transparentes empilhados uns sobre os outros, além de seu "underground".
É "normal" para slides PPT virados para PDF levar muito tempo para imprimir se a transparência original foi transferida para o PDF.
Para evitar o problema, tente produzir PDFs que tenham a transparência "achatada" desde o início. (Ou aplique o aplainamento de transparência posterior ao PDF que você já possui.)
Observação: os PDFs achatados provavelmente serão maiores do que os PDFs originais, mas serão impressos mais rapidamente.