Você pode usar o Gparted (disponível no Ubuntu Software Center) para redimensionar os 2TB em 200GB e formatar esses 200GB como FAT.
Esse processo não exige que você formate a partição NTFS anterior, mas é sempre um risco. Não há um processo 100% seguro para isso e um backup de seus dados é sempre a coisa mais responsável a ser feita.
Instruções sobre como instalar e usar o Gparted estão aqui: Como redimensionar partições?
Basta abrir o programa, localizar seu disco rígido, clicar com o botão direito do mouse na partição e selecionar redimensionar / mover , dar a ele um espaço à direita até a quantidade necessária e criar uma nova partição o novo espaço livre. Depois de aplicar as alterações, você terá duas partições no disco: a antiga contendo os dados e uma nova partição formatada de 200GB FAT32.