Você poderia fazer isso com o VBScript. Aqui está um código de exemplo:
Option Explicit
Dim excelObject
Set excelObject = CreateObject("Excel.Application")
excelObject.WorkBooks.Open "path:\to\file.xls", 0, True
excelObject.Run "MacroName"
excelObject.Quit
Set excelObject = Nothing
Cole em um arquivo com extensão .vbs e execute esse script para abrir a planilha desejada no Excel, executando a macro com o nome 'MacroName'.