Entendi. Mudou para o FreeNAS 7.2, que parece mais estável, e também permite manipular a substituição HD através da GUI. A solução foi desligar a unidade, desligar, substituir a unidade, inicializar e fazer uma substituição zpool.
Então, estou testando isso no VirtualBox e tenho duas unidades de 10 GB como teste (espelho de ada1 e ada2, ZFS). Eu crio um zpool / volume chamado "tank" com as duas unidades, sem problemas. Então eu desligo, removo uma unidade (ada2) e inicializo de volta. Diz "DEGRADADO" que é esperado. Eu desliguei, adicionei um novo HD de 10GB e inicializei novamente. Usando a GUI, listo os discos no volume e, para ada2, clico em "Substituir" e escolho a única opção disponível (no local). Parece funcionar, como eu ir para o shell e digite "zpool status" e ele diz que resilvered-lo, mas ainda diz DEGRADED mesmo depois de scrub & Claro. Alguma idéia?