O Windows 7 usa o Agendador de Tarefas para fazer isso. Para despertar o computador, o Windows usa o "timer do BIOS de suspensão ou hibernação para executar uma tarefa agendada ou executar uma tarefa previamente agendada depois que uma máquina é ligada". Referência da Wikipédia
Isso deve ser muito semelhante ao método usado pelo Linux. Ambos contam com o BIOS para ativar o computador após um determinado período de tempo.