Desculpe se isso soa irrelevante, mas você pode mudar para um terminal diferente (digamos, aquele que vem com o XFCE). A razão pela qual eu sugiro isso é porque, AFAIK, o gnome-terminal somente recebe suas configurações do gnome-settings-daemon.
Outra forma de corrigi-lo pode ser executar xsettingsd: link
É supostamente um substituto para o daemon gnome-settings-daemon. Eu estou rodando, mas como eu realmente não executo muitos aplicativos GNOME, eu não posso dizer com certeza que ele realmente funciona (na maioria das vezes, eu o configurei uma vez há muito tempo e, já que não usar tantos recursos, eu simplesmente deixo isso em paz).