Sim, é possível usar um recurso chamado Sincronização seletiva.
Se você acessar a guia de configurações avançadas e clicar no botão Sincronização Seletiva, obterá uma lista dos diretórios diretamente dentro de sua pasta do Dropbox. Pressionando o botão de visualização avançada permite aprofundar a estrutura de pastas e, como você deseja, impedir que determinadas pastas sejam sincronizadas.
Confira o artigo na ajuda do Dropbox para mais informações.
Por exemplo, no meu sistema (OSX):