A configuração da pasta inicial criptografada é descrita aqui para o Ubuntu:
Isso deve funcionar no Debian também, já que o Ubuntu é baseado no Debian.
No entanto, você deve considerar se a criptografia de disco completo (por exemplo, criptografia de /) não é mais apropriada para você. Muitos programas armazenam dados pessoais fora de / home (por exemplo, / tmp, / var), além disso, o swap também contém dados pessoais vazados por troca. Então eu aconselho a criptografar / e trocar usando o LUKS. Isto é suportado pelo instalador padrão do Debian; veja a seção no guia de instalação da Debian .