Eu acredito que com o método do gbjbaanb, você não pode executá-los lado a lado, ele apenas permite que você abra um tipo de firefox, feche-o e abra outro, você receberia uma mensagem dizendo:
"Firefox is already running"
O que você pode fazer é criar dois perfis diferentes.
(estou assumindo o Windows)
vá para o atalho do Firefox, clique com o botão direito e selecione properties e adicione -p ao alvo
para obter: C:\whereveryouinstalledit\FirefoxPortable.exe -p
Isso abrirá o gerenciador de perfis. Crie um novo e saia. Vá para onde os perfis são armazenados, o que é diferente para os sistemas operacionais, copie e cole seus dados padrão em seu novo perfil. (XP está nos dados do aplicativo / mozilla / firefox / profiles)
crie dois atalhos e adicione o nome do perfil após o -p
C:\whereveryouinstalledit\FirefoxPortable.exe -p default
C:\whereveryouinstalledit\FirefoxPortable.exe -p name 2
Acho que isso funcionará se você criar um novo perfil para o Portable ou o 3.6
Acredito que você também precise adicionar -no-remote ao não padrão do Firefox (se um for o padrão)
Eu só fiz isso com 3.5 e 3.6 instalados da maneira normal, nunca tentei com portáteis.
de qualquer forma, espero que ajude.