Normalmente, quando um pacote é atualizado, seu nome não é alterado. Em casos como este,
o nome muda porque há uma atualização incompatível com binário na biblioteca (o software compilado para trabalhar com a versão mais antiga não funcionará mais com a nova versão). A mudança de nome permite que você tenha ambas as versões instaladas lado a lado, no caso de alguns aplicativos dependerem da versão mais antiga e alguns dependerem do mais recente.
Isso significa que você não pode usar os mais novos como substitutos para os mais antigos, porque o software precisa ser recompilado (e corrigido, normalmente) para funcionar com os binários mais recentes.
Dito isto, neste caso, esses pacotes mais antigos não estão mais presentes no yakkety, o que significa que nenhum pacote no yakkety depende mais deles e eles podem ser removidos para liberar espaço. A explicação é que o software do yakkety foi compilado contra as versões mais recentes.
Você não usa esses pacotes diretamente para que você possa depender apenas do tratamento de dependências do APT para garantir que os corretos sejam instalados - se o APT permitir remover os antigos (ou aptitude search ~o shows deles como obsoletos), então você pode removê-los.