Não acredito que seja possível desativar o atalho do Spotlight quando um aplicativo específico está em foco. A coisa mais próxima a fazer seria mapear novamente o atalho (do Spotlight ou do Eclipse).
Para alterar o atalho de teclado em todo o sistema para o Spotlight:
- Nas Preferências do sistema, vá para Teclado e, em seguida, Atalhos de teclado .
- Na coluna à esquerda, selecione Spotlight .
- Clique duas vezes no atalho (nesse caso, ⌘ Espaço ) e mantenha pressionado o novo atalho. Sugiro algo semelhante, como opção + espaço.