A solução é:
Na tela de login , clique na engrenagem (para configurações) e selecione x11 em vez de Wayland. Então funciona de novo.
O problema é que xmodmap
faz parte do Xorg, se você rodar assim, funciona
(Ainda não é uma solução completa, mas espero que um dia possa suportar o utilitário xmodmap)