O arquivo de configuração é:
~/.config/plasma-org.kde.plasma.desktop-appletsrc
Nesse arquivo, você encontra uma seção com todos os ícones mostrados. Aqui você pode remover o que você não vê.
Para detectar a seção mencionada, procure por [Containment] contendo plugin=org.kde.plasma.private.systemtray
Quando você removeu o que deseja, simplesmente mate o plasmashell
killall plasmashell
e reinicie-o
kstart plasmashell