O que o log do console, o log do sistema e o log do kernel dizem? Melhor ainda, use sudo syslog | more
para despejar todo o seu banco de dados de mensagens do syslog (aviso: muita saída), e procure por quaisquer mensagens do tempo em que o problema estava acontecendo.
Procure também em / Library / Logs / DiagnosticReports para falhas ou spindumps a partir do momento em que o problema estava acontecendo.
Considere atualizar sua pergunta com esta saída ou vinculá-la em Pastebin.com ou gist.github.com. Talvez possamos ajudá-lo a descobrir isso.
Você não tem "Mozy" ou "Hands Off!" instalado, você? Recentemente, ajudei a resolver alguns problemas com sintomas semelhantes, que se resumiam a comportamentos inadequados desses pacotes: