Sim, eu escolhi o ecryptfs. Você simplesmente cria um diretório criptografado onde os arquivos são armazenados. Consulte as Instruções do RedHat . Se você criptografar este arquivo com a senha do usuário, existe até a possibilidade de montar este diretório automaticamente no login com o pam_mount (também o nome do pacote no fedora 15). A configuração pam_mount é um pouco complicada.
Meu conselho aqui: siga as instruções das páginas de manual para configurar pam_mount pam.d. O pam_mount eventualmente usará mount (mount.ecryptfs, respectivamente). Então configure o fstab de uma forma que seu usuário possa montar este fs sem problemas a partir da linha de comando (possivelmente sem privilégios de root). Em seguida, leia pam_mount.conf, defina debug = 2 no pam_mount.conf.xml e reduza os requisitos em pam_mount.conf para um mínimo e siga as instruções no modelo pam_mount.conf.xml para criar uma cópia local.
Você pode testar fazendo login em um console.