Quando inicio R , significa leia de /etc/Rprofile.site primeira coisa. Eu verifiquei que isso não está acontecendo, mas não tenho ideia de por que ou como corrigi-lo. Quando eu source('/etc/Rprofile.site') na inicialização, tudo corre bem.
Algumas coisas aleatórias que eu pensei investigar, que podem ser úteis para alguém que quer ajudar ou pode ser irrelevante ...
$ which R
/usr/bin/R
$ ls -l /usr/bin/R
-rwxr-xr-x 1 root root 8589 … /usr/bin/R
(nada suspeito escondido em um ponteiro / softlink, então não é isso)
$ echo $R_HOME
$ less ~/.Renviron
/home/isomorphismes/.Renviron: No such file or directory
> Sys.getenv("R_HOME")
[1] "/usr/lib/R"
> Sys.getenv("RHOME")
[1] "~/R/i686-pc-linux-gnu-library/"
Você deve tentar ver o que o R acha que é R_HOME (ou RHOME). Tente correr
R RHOME
que deve imprimir o valor de RHOME e sair.
Como alternativa, na linha de comando R
Sys.getenv("R_HOME")
Acho que o R lerá os arquivos startup e conf de $(R RHOME)/etc/
Talvez não seja o local que você acha que é ... Espero que isso ajude
Atenciosamente