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Não acredito que seja possível pesquisar o nome do domínio a partir de uma impressão digital do certificado. Não tenho conhecimento desse registro.
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O certificado usado por um servidor FTP não precisa ser o mesmo usado para um servidor HTTP (que é mostrado pelo link ).
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Sim, cada subdomínio pode ter um certificado diferente.
Se você nos mostrar qual é a impressão digital e o nome do host, poderá receber uma resposta mais concreta.
Você também pode tentar usar um cliente FTP que possa verificar a impressão digital em relação aos certificados raiz confiáveis do Windows. Para que você não precise tentar verificá-lo manualmente.
Por exemplo, o cliente de FTP WinSCP faz isso (o FileZilla não).
(eu sou o autor do WinSCP)