Sim, há uma diferença substancial entre as mídias HD e DD.
O material magnético tem uma propriedade chamada coercividade que é medida em oersteds . A coercividade do revestimento magnético está relacionada com a força de campo necessária para alterar a magnetização ao gravar dados.
Para disquetes de 3,5 polegadas, a mídia do DD tem 665 oersteds, enquanto a mídia HD tem 720 oersteds. [1] Portanto, ao usar a mídia incorreta, a gravação de dados usará pouca ou muita força de campo, resultando em bits "fracos" que são difíceis de ler e podem produzir erros, além de reduzir a vida útil dos dados.
O mesmo tipo de diferença (mas com números diferentes) existe entre as mídias HD e DD para disquetes de 5,25 ".
[1] link