É completamente inofensivo. Se fosse continuar e continuar, você poderia executar:
sudo killall update-apt-xapian-index
para salvar sua CPU de fritar: D, o que provavelmente só será um risco quando seu sistema tiver resfriamento ruim.
Para responder à sua "sub-questão", ela não é realmente "aceitável", por mais que não seja o ideal, mas é "aceitável" no sentido de que não fica por tempo suficiente para causar dano:).
Sugestão:
Quando este programa estiver em execução, pare de fazer o que quer que esteja fazendo no computador no momento, a menos que seja crítico / importante, e se você tiver o indicador de frequência da CPU, defina-o como desempenho no momento e deixe o aplicativo percorrer seus ritmos. Desta forma, terminará mais rapidamente e o seu sistema será mais suave quando acabar (devido a um menor bloqueio nos recursos).