De acordo com esta página: (ajuda oficial) link
Alguns atalhos estão sempre ativados. Incluindo Cmd + Enter. Parece que você não pode desligá-lo.
Por acaso, encontrei esta página de ajuda nas Configurações do Gmail > Separador Geral > Seção de atalhos de teclado, Link "Saiba mais" ao lado dos botões de opção para ativar ou desativar os atalhos. A página de ajuda parece ser o documento oficial.