É perfeitamente possível fazer exatamente isso. Basta executar o instalador e, quando chegar às opções de particionamento, vá para o particionamento manual e marque sua partição como root (/) MAS NÃO FORMATO .
Continue daqui como normal e o instalador simplesmente sobrescreverá os arquivos de sistema existentes, e qualquer outra coisa que não seja um arquivo de sistema (como o conteúdo do seu diretório pessoal) será ignorada. Eu fiz isso sozinho, embora eu estivesse reinstalando minha instalação do Ubuntu 10.04, em vez de mudar para uma distro separada, mas não vejo nenhum problema com isso.
Boa sorte.