Sim. A verificação é feita ao vivo, para que você não precise esperar que ela termine se for de roteamento, embora a transferência dos arquivos diminua a verificação e vice-versa. Se você espera que exista um problema com a consistência do sistema de arquivos ou com os discos, você não deve transferir arquivos durante o processo, e isso pode causar mais problemas.
Em outras palavras, é uma prática recomendada (e mais rápida) realizar essas tarefas separadamente, mas se tudo estiver funcionando normalmente, não há problema em fazê-las simultaneamente.