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Você pode reinstalar o ESXi em uma nova unidade flash USB, e ele verá o datastore VMFS existente para que você possa procurar esse armazenamento de dados e re-reigster a vms no inventário.
Do artigo da VMware KB 2004784
If you have a local datastore containing production information and have completed the installation on a replacement USB flash drive or SD flash card in a disaster recovery scenario, you may be required perform these additional steps:
- Connect to the ESXi host using the vSphere Client or add the ESXi host to an existing vCenter Server implementation.
- Click the host.
- Click the Configuration tab.
- Click Storage.
- Click Rescan to ensure you can see all datastores.
- Browse the datastore and register any virtual machines that are located on the datastores
Você também pode fazer backup da configuração do ESXi com o vSphere Command-Line ou o PowerCLI.
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No melhor de meu conhecimento, você não pode usar unidades USB em qualquer tipo de cenário altamente disponível. Existem módulos de servidor que permitem que você tenha Cartões SD que são executados de forma redundante, mas que possuem hardware dedicado para suportar essa funcionalidade e são transparentes para a instalação do ESXi.
Também do artigo da VMware KB 2004784
VMware recommends using a retail purchased USB flash drive of 16 GB or larger so that the "extra" flash cells can prolong the life of the boot media [...].