Pode-se usar a Ferramenta Gerenciador de certificados (Certmgr.exe) com o parâmetro /delete
.
O CertMgr está disponível como parte do Windows SDK, que você pode fazer o download no link . Deve ser executado como administrador.
Um exemplo de uso:
certmgr -del -c -n "My Certificate Name" -s -r localMachine TrustedPublisher