[use a partição inteira] usa sua partição atualmente selecionada e cria automaticamente partições para o Linux (root e swap, pelo menos).
[use o disco inteiro] é sua opção 2: remova tudo e instale o Ubuntu, usando o disco inteiro. Isso também criará partições automaticamente para o Ubuntu. A diferença é que primeiro removerá todas as partições antigas.
[Instalar agora] é possível se você já tiver configurado (manualmente ou automaticamente) partições (tamanhos, sistemas de arquivos e pontos de montagem). Se você não fez, vai reclamar e dizer o que está faltando.
Antes de fazer alterações em seu disco, lembre-se de fazer backup de arquivos importantes. Há sempre o risco de você escolher errado e excluir coisas importantes.