Você já mencionou duas probabilidades "mais do que provável": Malware ou falha na unidade. Outra possível causa de falha seria corrupção geral de dados. Embora isso seja improvável porque você reinstalou o Windows correto?
Para malwares em potencial, sugiro executar o Unhide.exe (pode ser encontrado em bleepingcomputer.com). Isso combinado com ComboFix e Malwarebytes geralmente cuida da maioria dos problemas. Já vi alguns casos mais sérios que exigem o uso do TDSKiller para descartar / remover rooktkits.
SE você conseguir chegar o suficiente para testar a unidade, tente executar sfc /scannow
. Isso verificará o sistema de arquivos do Windows (excluindo problemas vinculados diretamente ao sistema operacional). Próximo uso chkdsk /f
você deveria. Permitir que a verificação seja executada na próxima inicialização. Se você não conseguir executar o utilitário interno, verifique o disco de inicialização do Hirens. Existem várias ferramentas no disco que analisarão sua unidade e isolarão possíveis problemas.
Eu também perguntaria o que você fez para "consertar" o PC pela primeira vez com o CMD?