Você pode simplesmente tentar criar uma partição FAT32 muito pequena (alguns megabytes) em sua unidade externa. Em seguida, o Windows seria capaz de encontrar uma partição compreensível e, portanto, a caixa de diálogo de formato não deve aparecer mais como o disco não está "vazio" (da perspectiva do Windows).
Pode ser necessário criar essa partição como a primeira partição no disco.