Provavelmente você atingiu o limite que o algoritmo de nivelamento de desgaste pode manipular.
A unidade está ocupada apagando blocos para armazenar seus arquivos (provavelmente agravados pelo fato de que o NTFS é um sistema de arquivos de registro no diário). Você obterá um desempenho muito melhor se compactar todos os arquivos em um único arquivamento, como um TAR ou um zip / gz com um baixo nível de compactação. Formatar a unidade como FAT32 ou ex-FAT pode ajudar um pouco também.