Demorou um pouco, e ficaria assim que eu fizesse uma pergunta que eu encontraria em breve uma resposta.
Apenas o script atribuído explicitamente como parte do GPO é executado com privilégios elevados. As chamadas para outros scripts são executadas como a conta de administrador interna, mas geram uma solicitação do UAC que falha automaticamente porque nenhum usuário está conectado para solicitar.
Para processar chamadas externas, a conta de administrador interna deve poder elevar sem avisar. Essa configuração pode ser alterada no seguinte local:
Configuração do Computador | Políticas | Configurações do Windows | Configurações de segurança | Políticas Locais | Opções de segurança | Controle de Conta de Usuário: Modo de Aprovação de Administrador para a conta de Administrador Interno: Desativado
Estranhamente, desabilitado é o padrão, mas não funciona a menos que seja configurado manualmente.