Após a última atualização, percebi que tinha que ser o pen drive. Aparentemente, o Scientific Linux requer a formatação FAT32, e a formatação padrão das unidades era FAT. Reformatá-lo e reinstalar o SL6.2 no flashdrive resolveu o problema.
Na semana passada, instalei o SL6.2 na minha torre usando o LiveCD iso e o unetbootin sem problemas. Eu estava tomando meu tempo configurando-o desde que foi meu primeiro salto real para o linux. Eu tive problemas quando estava tentando substituir os drivers de vídeo nouveau pelos drivers da NVIDIA. Eu estava seguindo as instruções aqui para fazer isso, e tinha conseguido passar pela etapa 3, no entanto, quando reiniciei a No final dessa etapa, ele falhou ao inicializar devido a um pânico no kernel.
Depois de lutar por um tempo, achei que ia cortar minhas perdas e reiniciar, então tentei arrancar a partir de outro flashdrive que foi feito do mesmo LiveCD de antes e unetbootin, no entanto eu tive um kernel pânico consistente durante o carregando a tela inicial (estava em um ponto de carga diferente do anterior).
Eu supus que a instalação corrompida no disco rígido estava em conflito com a inicialização USB de alguma forma, então eu iniciei com sucesso no gparted e removi todas as partições da unidade. Agora, no entanto, ainda estou recebendo um kernel panic da inicialização do USB, sempre no mesmo ponto, e usando o LiveCD e o miniLiveCD.
Não estou preocupado em perder dados (obviamente), mas sou muito inexperiente no Linux para diagnosticar completamente o problema. Agora eu sou capaz de entrar nos comandos grub se isso pudesse ajudar a diagnosticar o problema, mas qualquer ajuda em tudo para me apontar na direção correta seria muito apreciada.
UPDATE: Eu iniciei com sucesso o Ubuntu 10.10 (por acaso tenho o iso por perto) usando o unetbootin, então parece ser específico do Scientific Linux. É possível que algo na instalação do SL seja danificado por um setor defeituoso na unidade flash que estou usando?