A opção denominada "Pastas compactas quando ela é salva" em
"Edit->preferences->Advanced->Network & Disk space"
permite que você insira um tamanho, quando a pasta excede esse tamanho, os e-mails serão compactados.
Disclaimer : Eu dei a localização da opção da minha máquina Linux, provavelmente estará em algum outro menu para o thunderbird do Windows.