No momento, a única maneira de inicializar mídias não-de-inicialização segura que eu conheço é o que você descobriu: Desativar Inicialização Segura. Você poderia simplesmente deixar desativado, mas é claro que isso aumenta um pouco sua vulnerabilidade a ameaças de segurança. (Não sei de antemão quantos fragmentos de malware existentes podem ser interrompidos pelo Secure Boot. A ameaça atual pode estar em qualquer lugar, de inexistente a significativa, pelo que sei, mas é claro que existe o potencial para futuras ameaças significativas.)
No futuro, a situação deve melhorar, já que a Microsoft está permitindo que terceiros assinem seus gerenciadores de inicialização via Verisign. Assim, as futuras ferramentas devem ser capazes de inicializar com o Secure Boot ativado. O Fedora planeja ter o Fedora 18 inicializável dessa maneira, por exemplo. Além disso, a Linux Foundation anunciou o que chama de que é um gerenciador de boot EFI assinado que habilitará a desabilitação do Secure Boot em uma base boot-by-boot. Isso ainda não está disponível, e como uma questão prática, seria necessária a integração na mídia de inicialização que você deseja usar, portanto, pode não ser de muita ajuda prática, a menos que você esteja preparado para modificar a mídia que deseja inicializar.
Mais um ponto: não sei por que o Windows 8 está entrando nessa "fase de reparo" que você mencionou. Pode não estar relacionado ao Secure Boot; na verdade, suspeito que não. O Windows 8 emprega um recurso de desligamento rápido que não funciona bem com outros sistemas operacionais. Pelo que entendi, esse recurso funciona mais como suspender para o disco, por isso deixa todos os discos montados em um estado inconsistente. Se outro SO inicializar e acessar esses discos, provavelmente haverá problemas relacionados ao disco, e um ou ambos os sistemas operacionais precisarão limpar a bagunça. De acordo com esta página, digitando powercfg /h off
em um prompt de comando do administrador desativará o recurso relevante e evitar que o problema se repita; no entanto, é provável que isso diminua o processo de desligamento / inicialização.