A suposição é que este é um sistema do Windows 7.
Se você tiver o UAC (User Access Control) ativado no nível recomendado ( Painel de controle - > Contas de usuário - > Alterar configurações do UAC ... Nível padrão ), o que está acontecendo é que, por padrão, quando você faz login no Windows, não está executando como Administrador "Completo". É por isso que você é solicitado a perguntar periodicamente se deseja executar algo como Administrador.
Portanto, se você estiver executando algum programa e, em seguida, ele solicitar a confirmação, somente depois disso será executado o programa com privilégios de segurança total.
Para forçar um programa a ser executado como um usuário específico ou ter privilégios especiais, consulte o Microsoft Application Compatibility Toolkit . Você pode selecionar qual aplicativo e o que 'Corrigir' aplicar. Isso vai te afastar de mexer com atalhos e runas no alvo.
Aqui estão algumas outras ideias: neowin.net . Notei que um sobre as tarefas agendadas, idéia muito bacana.
Mas, se sua principal preocupação for com segurança, aumente o UAC para o Always Notify. Você também pode ver as caixas de proteção de aplicativos, como Sandboxie .