Esta postagem no SO é semelhante e publica várias respostas. A resposta mais aceita é executar:
$ sudo apt-get --reinstall install tzdata-java
postado por @pralabh e também em este post no Java Made Easy .
De acordo com este blog que tem o mesma resposta, este é um problema com a última atualização do Ubuntu 12.04 LTS que foi postada em um comentário por @kilaka . Isso é certamente verdade para mim, já que o eclipse tem funcionado bem até agora.