Não está completamente claro qual usuário tenta rodar o emacs.
Também não está claro o que o comando
$ adduser my_user admin
faz. Você quer dizer
$ adduser --group admin my_user
aqui?
O diretório .emacs.d
na casa do usuário deve ser de propriedade do próprio usuário. Então um
$ chown -R my_user ~/.emacs.d
$ # Fix the 'broken' permissions
$ chmod go-w ~/.emacs.d
No último comando, talvez você queira adicionar também o sinalizador x
e r
para remover permissões de leitura e execução para grupos e outros.