O problema aqui é COMO você pode detectar que um arquivo foi corrompido ...
Você pode usar somas de verificação (MD5, por exemplo). Se um arquivo não foi modificado e sua soma de verificação MD5 está errada, é mais provável que esteja corrompido.
Infelizmente, isso não permite que você saiba se os arquivos modificados foram salvos, exceto abri-los com o software correto.