A distinção entre um arquivo e uma pasta é geralmente um único sinalizador na entrada de diretório que contém o arquivo / pasta mencionado. Dito isto, parece que talvez esse diretório pai tenha sofrido algum dano, invertendo essa bandeira. Como o conteúdo da pasta (agora) não se parece com uma estrutura de diretório válida, ela é exibida como vazia. Chkdsk pode achar alguns erros a serem corrigidos, mas improváveis.
Se a obtenção do conteúdo dos setores de dados for importante, você precisará de um utilitário que permita a leitura de inodes ou apenas setores brutos. Se não for tão importante, eu excluiria o arquivo e executaria um verificador GOOD filesystem (chkdsk NÃO se qualifica).