O mkvmerge terá prazer em migrar subs com vídeo. A única coisa é que você vai ficar com um .mkv depois, o que pode não ser um problema.
Eu tenho um arquivo .srt com as legendas desejadas e quero mesclá-lo no arquivo principal. Eu os quero como subs soft, e eu não vi nada que diga como fazer isso. Tudo o que posso encontrar é como fazê-los como subs de disco rígido.
Edit: Acontece que para mim é basicamente um ponto discutível de qualquer maneira, enquanto a máquina alvo supostamente reproduz arquivos .avi que eu não consegui fazer isso.
O mkvmerge terá prazer em migrar subs com vídeo. A única coisa é que você vai ficar com um .mkv depois, o que pode não ser um problema.
Você pode adicionar soft subs em um arquivo .avi facilmente por uma ferramenta gratuita chamada AVIAddXSubs . Veja este tutorial que explica os detalhes.