Eu não acho que é possível fazer o que você quer. Existem algumas abordagens possíveis que são descritas em respostas a outras perguntas.
Em relação a um arquivo .deb, uma maneira é escrever um patch com suas personalizações e criar seu próprio pacote xkb-data
a partir de uma fonte xkeyboard-config
personalizada.
Em este PPA , você encontra um exemplo de patch xkeyboard-config
incluindo o debdiff exato comparado com a fonte no arquivo Ubuntu .