Existe o protocolo NMEA0183 , que é basicamente apenas um formato de string para ser enviado por um porta serial. Eu acho que há alguns telefones celulares que podem produzir suas coordenadas GPS através de uma interface USB-para-serial usando NMEA0183 (atualizarei se encontrar alguma informação).
Basicamente, funcionaria como a leitura de dados de uma porta serial.
Eu olhei brevemente online para placas PCI de GPS, uma tinha uma porta serial e PCIe parece ser compatível com NMEA0183 (através de uma porta serial emulada que eu presumo).