Corrija-me se estiver errado, mas acho que o aplicativo que você está colando para dar suporte à formatação. Eu fiz alguns copiar / colar manipulação no meu dia, e eu tive que formatar os dados que recebo do comando colar.
Quanto aos cabeçalhos, que ambiente você está executando, o Gnome ou o KDE? AFAIK, a área de transferência não é um recurso do kernel, mas do ambiente que você está executando.
Aqui está um problema semelhante no StackOverflow:
Eu não sei sobre nenhum utilitário de linha de comando. Aqui estão algumas coisas que encontrei:
- Table2Clipboard
- xclip