Mas eu descobri qual era o problema e, aparentemente, não tinha nada a ver com minhas divisões. O problema era TrueCrypt.
Quando executo uma partição de sistema criptografada, as coisas estão bem (funciona a hibernação). Na verdade, esse é um recurso de um ano do TrueCrypt.
Mas, por incrível que pareça, a hibernação não funciona se eu descriptografar a unidade (que eu havia feito alguns dias atrás para consertar meu MBR).
Por que ele falha em uma unidade C: não criptografada? Eu não sei. Um breve google sobre "TrueCrypt hibernation" não revelou nada. Talvez eu deva olhar para ver se há um serviço TrueCrypt em execução e desativá-lo antes de tentar a hibernação. Vou tentar isso algum dia, mas não agora.
De qualquer forma, ele está funcionando novamente, e a unidade do meu sistema está criptografada, que é a maneira que precisa ser.