Eu acho que tem menos a ver com a resolução e mais com recorte.
Ao executar dentro de uma janela, a GPU deve levar em consideração que área (s) a renderizar e quais áreas serão cortadas, dependendo de onde a janela está localizada na tela e de quaisquer outras janelas que possam se sobrepor.
Ao executar a tela cheia, todas essas decisões de recorte podem ser ignoradas.