Se você estiver se conectando à unidade pela rede, o formato não deve importar - O sistema (AirPort) ao qual a unidade está conectada simplesmente precisa ser capaz de lê-lo, para o qual eu o formaria como um grande Partição HFS +. A partir daí, os arquivos são encapsulados nas máquinas por meio de vários protocolos de rede, que tanto as máquinas Windows quanto as Mac podem usar.