Eu tenho 14.04, mas gedit
tem uma opção para alterar o esquema de cores --- o menu de preferências é bastante oculto (pelo menos no gnome-shell), você tem que ir no menu do painel para encontrá-lo:
(será diferente no Unity) e, em seguida:
e todo o seu esquema de cores será alterado. Na foto acima, eu escolho "kate".
Se você quiser mudar apenas a cor da linha de destaque (por exemplo), você deve editar o estilo; em princípio que deve ser feito facilmente alterando o arquivo
/usr/share/gtksourceview-3.0/styles/kate.xml
(referência aqui ) e altere a linha
<style name="current-line" background="#EEF6FF"/>
ao seu gosto. Infelizmente, não funciona --- se alguém souber por que entrar em sintonia.