O mesmo problema apareceu no meu Ubuntu Unity 14.04 quando habilitei o Chrome (e o Hangouts) para ser executado em segundo plano. Desabilitar isso faz o problema desaparecer. Infelizmente, os dois ícones em Notificações não aparecem mais como em 13.10. Eu primeiro consertei isso:
sudo apt-get install libappindicator1
em: Os ícones da bandeja do sistema não mostram [fechado]
Isso mostra os ícones. Agora, se você fechar o Chrome clicando com o botão direito do mouse no ícone do Google Chrome e selecionando "Sair" antes de encerrar, o problema desaparece.
Não é uma solução real, porque (acredito) A tarefa em segundo plano do Chrome não está sendo desativada no desligamento do sistema operacional.