No Windows 7 e 8 eu diria instalá-lo como por normal em sua unidade C :, cortar o diretório para outra unidade e criar um link simbólico usando o comando mklink da seguinte forma:
mklink /d "c:\Program Files\<Original folder name>" "d:\<New Folder location>"
No Windows XP é um pouco mais complicado, porque não vem com o comando mklink.
Você pode experimentar uma das ferramentas listadas em esta pergunta , como como o Linux Shell Extension para obter acesso a uma ferramenta de link simbólico.
Symlinking o diretório como este funciona porque, no que diz respeito ao Windows, os arquivos ainda estão no mesmo lugar, portanto, as chaves do Registro e os atalhos ainda são válidos e, ao mesmo tempo, você economizou espaço.