Tente esta linha de comando para gerar sua lista de pacotes (você precisará apt-get install aptitude
se não tiver):
aptitude search -F '%100p' '~i!~M' > installedpackages
Isso deve omitir todos os pacotes pré-instalados específicos da máquina e listar apenas as coisas que você deliberadamente selecionou (e suas dependências).
Se mesmo isso tiver muita coisa, isso deve listar mais ou menos apenas os pacotes que você instalou explicitamente (as dependências deles serão puxadas automaticamente, é claro):
deborphan -a --no-show-section > installedpackages